В 1899 році за політичну неблагонадійність був відсторонений від викладання. В 1901-1905 рр. перебував на Полтавщині і брав участь в суспільному житті, зокрема в Полтавському земстві. В 1905 році повернувся до педагогічної діяльності і працював в Санкт-Петербурзькому університеті, Санкт-Петербурзькому політехнічному інституті, у Народному університеті Шанявського в Москві.

Восени 1917 року М. Туган-Барановський повертається до України. Впродовж 1917-1918 рр.: генеральний секретар (міністр) фінансів у складі Центральної Ради, голова Центрального кооперативного українського комітету та Українського наукового товариства економістів. З осені 1918 року – один з фундаторів Української Академії Наук, засновник та керівник її соціально-економічного відділу: склав соціально-економічну програму її діяльності, уперше в системі академії заснував інститут економічної кон’юнктури, інститут демографії, кафедру економіки України. Ініціював створення кооперативного інституту (на базі Вищих кооперативних інструкторських курсів, що функціонували при Центральному українському кооперативному комітеті з осені 1917 року) і розробив його концепцію.

У 1919 році М. Туган-Барановський у складі дипломатичної делегації України (урядової делегації Української Народної Республіки) вирушив до Франції на мирну конференцію. Він помер 21 січня 1919 року у поїзді Київ-Одеса (неподалік Одеси) на шляху до Парижа від серцевого нападу.

Найвідоміші праці: «Очерки из новейшей истории политической экономии и социализма» (1903 р.), «Теоретические основы марксизма» (1905 р.), «Основы политической экономии» (1909 р.), «Периодические промышленные кризисы. История английских кризисов. Общая теория кризисов» (1914 р.), «Социальная теория распределения» (1913 р.), «Социальные основы кооперации» (1916 р.), «Бумажные деньги и металл» (1917 р.), «Социализм как положительное учение» (1918 р.).

Основні праці М. Туган-Барановського перекладено на англійську, італійську, німецьку, французьку, японську мови.